序
这本书的全名叫做《我包罗万象：微生物视野下的生命图景全纪录》，2017年的3月份比尔盖茨在自己的博客上发表了关于这本书的读书笔记《You should appreciate germs》（你应该感谢细菌）。在毕节城区静默管理的第7天，我把这本书看完了。我深深的理解盖茨在他的读书笔记写下的第一句话“我对细菌的误解实在是太久了”，我也想说同样的话。
共生–《我包罗万象》
我不由得想起以前“益力多”的广告，一个小朋友从冰箱拿出了这个乳酸菌饮料，旁边的兄长吓唬他说“有菌的”，小朋友立即把手上的饮料扔了，旁边的刚刚偷着乐，把弟弟那瓶饮料也喝了。当这个小朋友去吓唬其他孩子的时候，其他孩子若无其事的说，“对呀，活性乳酸菌嘛，对身体有好处的”。这个广告深入人心，但折射出社会对细菌的看法，“细菌让食物变坏”，“细菌是致人生病的罪魁祸首”，“细菌都是不好的”。
于是，生活越来越好的我们，开始了大规模的消毒运动，无论是空气还是针对衣物，感冒发烧便用上了抗生素，更有甚者把这些药偷偷的喂给了禽畜。最夸张的是，竟然在河流湖泊中都能检验出抗生素。接着，世界范围内便开始了反对滥用抗生素的声音，一方面当然是长期使用抗生素会使得身体的致病菌出现耐药性，另一方面也会导致出现抗生素杀不死的超级细菌，为了抗生素放在一个更合适的位置，于是抗生素变成了需要医生下处方才能购买的管制药品。
最近的一些书籍，不约而同的为细菌翻案，提出了这么一个观点：
动物出现在地球上的时候，微生物已经挤满了地球数十亿年之久，即便人类出现了，它们依旧是这个是世界的统治者。动物的出现是一个与细菌共同演化的过程，因为细菌的存在，才有我们这个包罗万象的世界。致病菌，只是微生物世界的非常小的一部分，缺乏细菌的参与，很多生物是无法成熟无法存活，即便是人类，缺乏肠道细菌的帮助，我们也会出现各种怪异的疾病甚至会死亡。更神奇的是，肠道微生物会影响免疫系统，从而影响和改变大脑，所以把庞大的肠道菌群称为人的第二大脑，一点也不为过。
免疫恒温器
免疫系统的激活是因为它探测到了病原体的存在，并视其为威胁，然后清除。不过，免疫系统的主要功能是管理我们与体内常驻微生物的关系，重要的是平衡和良好的管理，并非防御和破坏。
免疫系统像一个恒温器一样，维持身体微生物群组的平衡，既要管理身体里万亿个有益微生物，又要及时阻止有传染性的少数菌群入侵，如果“恒温器”阈值设得太低，系统将会过于宽松，未能应对致病菌的威胁致使我们生病，如果阈值调得太高，系统过于活跃则会错误的攻击有益的微生物，引发慢性炎症。
过去的半个世纪，我们通过提高卫生标准，开发抗生素，结合现代饮食，逐渐把“恒温器”调高，致使我们的免疫系统在无害的东西面前也变得十分暴躁，比如灰尘、食物中的分子、体内的常驻微生物，甚至是我们的细胞。于是，我们罹患过敏、哮喘、类风湿性关节炎等免疫性疾病的几率大大增加了。
生命是共生的产物
在我们胃液里活动的幽门螺旋杆菌，虽然会引起胃溃疡和胃癌，但是也会防止发生食道癌和哮喘。那些在肠道里发挥各种作用的细菌，一旦进入了血液，也会危及人的生命。在人和微生物共存的环境里，盟友随时可能背弃，敌人却可以和我们结盟，从共生到毁灭，有时候只有几毫米的差距。
共生是有代价的，共生体和宿主各有各的利益，微生物组非常重要，但这并不意味着它们是和谐的。运作良好的伙伴关系其实是一种互惠的剥削，然而共生的冲突是永远都解决不了的。
当婴儿出生的前半年，一种特殊免疫细胞会抑制身体的防御系统，让微生物组能够尽快进入体内营造良好的生态。母乳中含有噬菌体和200多种乳低聚糖（HMO），HMO可以完好无损的穿过胃和小肠，抵达大肠，滋养着婴儿双歧杆菌，同时也吸引着各种病原体的火力，让婴儿免受侵害。婴儿双歧杆菌食用HMO会释放出唾液酸，这种物质会刺激大脑的发育，侧面上回应了母乳喂养的孩子更聪明健康的观察结果。
对于饱和脂肪来说，它能滋养各种导致炎症的微生物，然而一些用来延长冰激凌和点心的添加剂如CMC（羟甲基纤维素）和吐温80（P80）会产生抑制抗炎症的微生物，进一步助推炎症的发生。膳食纤维则具有相反的效果。
难以捉摸的生命
以前，我们曾经以为有阳光才能孕育生命，随着对大海深处的探索，竟然发现有些植物和微生物在海沟深处热泉喷发的地方生活，以硫化物为食。微生物分解硫化物，为植物带去可以适用的养分，取代了叶绿素光合作用的能量固化供给。
微生物群组并非一个恒定的实体，集结了成千上万个物种聚合体，这些物种不断的相互竞争，与主人交涉、谈判，时时发展变化。不同的物种有不同的微生物组，同一个物种个体之间微生物组的差别也很大，胖子和瘦子的肠道菌群的差异极大。基因决定了我们的身高和大脑的大小，然而并不创造微生物，不过基因设定了大环境，不同的条件会对不同的微生物有利，从而也营造了不同的内环境。
结语
生命本来就是个混沌系统，微生物和人类共存的世界更是一个混沌系统，谨慎才是我们应该有的科学态度，“Never Say Never”。